Fakulti Pengajian Kontemporari Islam (FKI), Universiti Sultan Zainal Abidin (UniSZA) telah diperakukan penubuhannya oleh Kementerian Pengajian Tinggi (KPT) mulai Julai 2006 dalam Mesyuarat Jawatankuasa Pendidikan Tinggi bil 9/2006 pada 19 Disember 2006.

Fakulti ini merupakan gabungan tiga buah Sekolah Pengajian pada era KUSZA iaitu Sekolah Pengajian Islam (SPI), Sekolah Pengajian Umum (SPU) dan Sekolah Pengajian Pendidikan (SPP). Kombinasi tiga bidang utama iaitu Pengajian Islam, Pengajian Sains Sosial dan Pendidikan diharap dapat memperkasakan lagi bidang-bidang berkenaan khususnya yang berkaitan dengan isu-isu kontemporari. Walau bagaimanapun bermula pada tahun 2014, Pengajian Sains Sosial telahpun diasingkan daripada FKI bagi membentuk Fakulti Sains Sosial GunaanFKI kini diketuai oleh seorang Dekan dengan dibantu oleh tiga orang Timbalan Dekan, iaitu Timbalan Dekan Akademik dan Siswazah, Timbalan Dekan Penyelidikan dan Inovasi serta Timbalan Dekan Hal Ehwal Pelajar dan Alumni. Pentadbiran FKI diperkuatkan lagi dengan empat orang Ketua Pusat Pengajian. Pusat-pusat Pengajian di FKI yang diluluskan oleh Senat UniSZA ialah Pusat Pengajian Syariah, Pusat Pengajian Usuluddin, Pusat Pengajian Pendidikan, Dakwah dan Peradaban Islam, dan Pusat Pengajian al-Quran dan al-Sunnah.

FKI melaksanakan tiga aktiviti teras iaitu pengajaran dan pembelajaran, penyelidikan dan perundingan serta khidmat masyarakat sebagaimana di IPTA-IPTA lain. Bagi merancakkan lagi pembangunan modal insan kepada seluruh warganya, FKI amat komited untuk terus berusaha membuat perancangan strategik bagi merekayasakan dan mempertingkatkan budaya kerja berprestasi tinggi, kreativiti dan inovasi dalam aktiviti-aktiviti terasnya.